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La plate-forme protéomique (labellisation IBiSA), associée à l'Unité de Recherche Protéomique fonctionnelle (UR 1199), a été créée en 2003. Au-delà du recensement des gènes exprimés, la caractérisation dynamique des formes actives des protéines, déterminées par leurs statuts post-traductionnels, émerge comme incontournable en biologie fonctionnelle. La plate-forme offre ainsi un environnement de pointe, unique pour ce niveau d'analyse moléculaire, dans des perspectives de biologie intégrative. Elle est pour cela équipée en robotique et spectrométrie de masse et assure une mission de veille technologique dans ces domaines.
Accessible à tous les laboratoires, la plate-forme supporte des programmes d'ampleur variée, depuis les analyses structurales fines jusqu'aux approches à large échelle. Elle accueille ainsi des programmes, réalisés sous forme de collaboration ou de prestation, de plus de 40 équipes académiques et privées.
Partenaires : Inra - Montpellier SupAgro
Situation : Campus de la Gaillarde – 2, place Viala – 34060 Montpellier
Responsable scientifique : Michel Rossignol - DR Inra
Responsable technique : Nicolas Sommerer - IR Inra
Site : http://www1.montpellier.inra.fr/proteome/sources/index.php?page=Plate-forme
Structures de rattachement :
Rattachement à des réseaux technologiques :
Missions
L'analyse protéomique recouvre des objectifs allant de l'identification à large échelle d'ensembles de protéines à l'analyse structurale fine de modifications de protéines d'intérêt. Elle repose sur une combinaison de technologies lourdes en évolution rapide. La plate-forme de protéomique vise à répondre à ces exigences en s'appuyant sur une veille technologique permanente et en rendant accessibles les stratégies génériques développées par les programmes de recherche de l'Unité de Recherche de Protéomique fonctionnelle (UR 1199). Elle réalise ainsi les transferts de technologies, accueille des programmes variés tant au travers de collaborations formalisées que de travaux en prestation et assure une activité de conseil et de formation. Elle met pour cela à disposition de la communauté scientifique des équipements et une expertise pour tout projet ayant besoin de la protéomique quantitative des modifications post-traductionnelles et des outils bioinformatiques pour l'analyse des protéomes étudiés.
Moyens humains et équipements
Un ingénieur de recherche, un ingénieur d'étude, une assistante ingénieur et trois techniciens sont affectés à la plate-forme.
La plate-forme fonctionne avec les équipements :
En amont de la caractérisation des protéines :
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IPGphor et Dalt systema pour la séparation des protéines par électrophorèse bidimensionnelle.
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Densitomètre, scanner FLA 5000 multi-lasers, logiciels Mélanie et Progenesis pour l'analyse des gels dans le visible ou en fluorescence.
Pour le traitement des échantillons :
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Robot de découpage (Propic) pilotable par le logiciel d'analyse d'image dans le visible ou en fluorescence.
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Robot de pipettage (MultiProbe II) pour le lavage des spots, la digestion des protéines, l'extraction des peptides et leur dépôt sur cibles normales ou de type AnchorChip.
Pour la caractérisation des protéines :
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Spectromètre de masse MALDI-TOF-TOF (Ultraflex II), équipé d'un laser rapide pour l'obtention de cartes peptidiques massiques et de séquences.
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Spectromètre de masse nano-ESI-IT (Esquire HCT), couplé à une nano-HPLC (Ultimate) pour la séparation de mélanges de peptides et le séquençage.
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Spectromètre de masse tandem quadripole-trappe linéaire (QTRAP 4000) couplé à une nano-HPLC pour le séquençage et la caractérisation des modifications post-traductionnelles.
Pour l'exploitation des données :
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Cinq stations de traitement.
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Deux serveurs d'interrogation hébergeant des bases de données publiques ou propriétaires.
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Un serveur hébergeant la base de données Protéomis.
Formation
La plate-forme assure la formation professionnelle sur site pour ou par :
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L’analyse de l'expression à large échelle par 2DE/MALDI-TOF MS robotisé.
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La détermination de séquences et marquage fonctionnel par MALDI-TOF-TOF, LC-ESI-IT MS/MS, Quadrupole-TOF MS/MS.
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L'analyse de pools protéiques par LC-MS/MS.
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L’identification de modifications post-traductionnelles (phosphorylations, N- et C-alkylations).
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La participation à des enseignements académiques et à la formation par la recherche.
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L’organisation d’écoles thématiques (Phosphoprotéomique en 2005 et Protéomique quantitative en 2007).
Prestations
Selon la technicité requise et l'aspect innovant des projets (nécessité de développements spécifiques), la plate-forme est ouverte à prestation, accueil ou collaboration. A côté de la protéomique d'identification (y compris à large échelle), l'offre cible la détermination structurale de modifications chimiques (méthylation, acétylation, phosphorylation, nitrosylation) ou l’étiquettage peptidique (ubiquitination, SUMOylation), ainsi que la protéomique quantitative (semi-quantitative par marquage chimique; absolue par méthode AQUA ou MRM), permettant de mesurer l'évolution des statuts post-traductionnels critiques pour l'activité, la capacité d'interaction ou la localisation des protéines.
En prestation, l'offre recouvre le conseil, la prise en charge de l'expérimentation, l'interprétation des résultats, la remise d'un rapport et l'archivage des données.
Pour l'accueil de projet, la plate-forme fournit en outre une formation et un suivi techniques et participe au travail de valorisation (collaboration). Chaque projet fait l'objet d'une mise en œuvre et d'un suivi tracés selon des procédures formalisées.
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Voir aussi
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